1992年《中醫雜志》獲中國科協科技期刊一等獎，國家科委、中宣部、新聞出版署科技期刊三等獎，北京新聞出版局、北京市科技期刊協會辦刊條件獎、編輯質量獎、辦刊效益獎。1995年獲首屆全國中醫藥優秀期刊一等獎。1997年獲中國科協優秀科技期刊一等獎。1999年獲第二屆全國中醫藥優秀期刊一等獎。2000年獲首屆中國期刊獎。2001年獲國家雙獎期刊獎。在2001年中國期刊展中入選國家期刊方陣被特別展示。2007年獲第三屆全國中醫藥優秀期刊一等獎。2008年開始多年被評為中國精品科技期刊。2009年被中國期刊協會評為新中國60年有影響力的期刊。2010年、2014年和2017年《中醫雜志》連續榮獲第二、三、四屆中國出版政府獎期刊提名獎。2011年12月中醫雜志社榮獲新聞出版總署新聞出版“走出去”先進單位稱號。2012年獲第四屆全國中醫藥優秀期刊一等獎。2012年和2014年被評為百種中國杰出學術期刊。2013年《中醫雜志》被評為中國百強科技期刊。2021年7月《中醫雜志》榮獲第五屆中國出版政府獎期刊獎，成為獲得此榮譽的20種期刊之一。