《植物營養與肥料學報》影響因子、總被引頻次、影響力指數在農業基礎學科和農藝學科期刊中位居前列。榮獲“第四屆全國優秀農業期刊學術類一等獎”、“中國百種杰出學術期刊”、“中國精品科技期刊”、“中國農業期刊領軍期刊”等稱號，為農林領域我國高質量科技期刊分級目錄T1等級期刊。刊登的多篇論文入選“中國百篇最具影響力國內學術論文”、“中國科協優秀科技論文”、“中國精品科技期刊頂尖學術論文(F5000)”等。2015~2019年連續獲“中國科協精品科技期刊工程項目”資助。2019年，入選“中國科技期刊卓越行動計劃”。