中文核心期刊、中國科學引文索引數據庫核心期刊、中國科技核心期刊，也是Scopus、BIOSIS Proviews、CABI、CA等國際著名數據庫和檢索期刊的文獻源。在全國和地方期刊評比中，《中國水稻科學》多次獲優秀期刊獎，曾兩度被評為全國優秀科技期刊，榮獲第三屆國家期刊獎(百種重點期刊)，并入選中國期刊方陣雙百期刊、中國精品科技期刊、百種中國杰出學術期刊，2013、2015、2017年連續三次被評為中國百強報刊。

　　1990年 國家新聞出版署舉辦的全國期刊展覽印制質量獎評比三等獎

　　浙江省自然科學期刊編輯協會優秀科技期刊，一等獎

　　1992年 農業部優秀科技期刊

　　中國農業科學院優秀科技期刊

　　浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊

　　國家科委、中宣部、新聞出版署聯合舉辦的首屆全國優秀科技期刊評比二等獎

　　1994年 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊，一等獎

　　1995年 浙江省期刊抽評一等獎

　　1997年 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊

　　國家科委、中宣部、新聞出版署聯合舉辦的第二屆全國優秀科技期刊評比三等獎

　　1998年 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊，一等獎

　　2000年 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊，一等獎

　　2001年 中國期刊方陣雙百期刊

　　2002年 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊，一等獎

　　2005年 第三屆國家期刊獎百種重點期刊

　　2006年 浙江省科技期刊編輯學會精品科技期刊獎

　　2007年 首屆浙江期刊方陣工程精優型期刊群入選期刊

　　2008年 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊精品獎

　　中國精品科技期刊

　　百種中國杰出學術期刊

　　2009年 RCCSE中國權威學術期刊

　　第四屆華東地區優秀期刊

　　2010年 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊精品獎

　　2011年 中國精品科技期刊

　　2012年 中國國際影響力優秀學術期刊

　　第五屆華東地區優秀期刊

　　2013年 中國百強報刊

　　2014年 中國精品科技期刊; 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊, 特等獎

　　2015年 中國百強報刊

　　2016年 浙江省科技期刊編輯學會優秀科技期刊, 特等獎

　　2017年 中國百強報刊; 中國精品科技期刊; 第六屆華東地區優秀期刊

　　2020年 中國精品科技期刊

　　2021年 浙江省政府出版獎(浙江樹人出版獎)

　　2022年 浙江省精品科技期刊

　　2023年 中國精品科技期刊