《作物學報》從1999年起連續12年獲“國家自然科學基金重點學術期刊專項基金”的資助。2006—2018年連續獲“中國科協精品科技期刊工程項目(B類和學術質量建設)”資助;2019—2023年獲中國科技期刊卓越行動計劃梯隊項目的資助。2024—2028年獲中國科技期刊卓越行動計劃二期領軍項目的資助。2005年獲“第三屆國家期刊獎提名獎”，2011年和2018年獲“中國出版政府獎期刊獎提名獎”，2013年和2015年被國家新聞出版廣電總局評為“中國百強報刊”。從2001年起連續23年被中國科技信息研究所授予“百種中國杰出學術期刊”稱號，2008、2011、2014、2017、2020、2023年連續六屆被授予“中國精品科技期刊”稱號。2009年被中國期刊協會和中國出版科學研究所授予“新中國60年有影響力的期刊”稱號。據北京大學圖書館編著的《中文核心期刊要目總覽》歷年各版登載, 《作物學報》被列在“農學(農藝學)，農作物類核心期刊表”的首位。

　　《作物學報》被多個國外重要數據庫和檢索系統收錄, 如: 聯合國糧農組織(FAO)的AGRIS數據庫、英國國際農業與生物中心(CABI)的CAB Abstracts數據庫、美國《生物學文摘》(BA)、美國《化學文摘》(CA)、美國《劍橋科學文摘》(CSA)、開放獲取期刊目錄(DOAJ)、日本科學技術社(JST)數據庫、俄羅斯《文摘雜志》(AJ of VINITI)、Elsevier的Scopus數據庫和波蘭哥白尼索引(Index of Copurnicus)等。