《生理學報》被美國“Medline/PubMed”、Biological Abstracts”、“Chemical Abstracts”、“Index Medicus”、“BIOSIS Previews”、荷蘭“Excerpta Medica”、“Scopus”、波蘭“Index Copernicus”、“日本科技文獻速報”、“WHO西太平洋地區醫學索引”和“俄羅斯文摘”收錄。

1999年、2003年、2005年連續3次榮獲“國家期刊獎”；2009年榮獲“新中國60年有影響力的期刊”稱號；2013年至2018年連續榮獲“中國國際影響力優秀學術期刊”稱號。

中國科技核心期刊、《中文核心期刊要目總覽》基礎醫學類核心期刊、中國科學引文數據庫(CSCD)來源期刊；2001年入選雙獎“中國期刊方陣”；2005~2020年多次入選“中國百種杰出學術期刊”和“中國精品科技期刊”行列。