《水生態學雜志》已經被國內多家權威數據庫(機構)列為核心期刊，并被部分國際專業數據庫收錄：

　　中國科學引文數據庫核心期刊(CSCD)

　　《中文核心期刊要目總覽》核心期刊(北京大學圖書館)

　　中國科技期刊開放獲取平臺(COAJ)

　　中國科技論文統計源期刊(中國科技核心期刊)(中國科技技術信息研究所，萬方數據)

　　《中國學術期刊影響因子年報》統計源期刊(中國知網)

　　中國學術期刊綜合評價數據庫(中國知網)

　　中文科技期刊數據庫(維普)

　　“萬方數據——數字化期刊群”

　　中國期刊網、中國學術期刊(光盤版)全文收錄期刊

　　中國水產類期刊Q1區

　　中國農林核心期刊A類

　　“遙感科學與技術”領域T1類科技期刊

　　地球與環境科學信息網(EES)

　　美國化學文摘(CAS)

　　日本科學技術振興機構數據庫(JST)

　　加拿大科睿唯安《烏利希期刊指南(網絡版)》

　　科技期刊世界影響力指數(WJCI)報告