為《中國學術期刊綜合評價數據庫》、《中國科學引文數據庫》、《萬方數據——數字化期刊群》、北京大學《中文核心期刊要目總覽》來源期刊，被《中國學術期刊(光盤版)》和《中國期刊網》全文收錄;同時，《熱帶海洋學報》還被美國《化學文摘》和《水科學與漁業文摘》、俄羅斯《文摘雜志》、日本《科學技術文獻速報》及英國《動物學記錄》收錄為源期刊。

　　1997年1月榮獲廣東省第二屆優秀科學技術期刊獎一等獎;

　　2001年5月榮獲廣東省第三屆優秀科技期刊獎二等獎;

　　2001年入選中國期刊方陣，被新聞出版總署評為雙效期刊;

　　2003年中國科學院科學出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2008年中國科學院科學出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2010年獲廣東省第四屆優秀期刊提名獎;

　　2010年中國科學院科學出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2012年中國科學院科學出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2012年獲“2012中國國際影響力優秀學術期刊”獎;

　　2013年中國科學院科學出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2013年獲“2013中國國際影響力優秀學術期刊”獎;

　　2014年中國科學院科學出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2015年獲第五屆廣東省精品科技期刊榮譽稱號;

　　2017年獲第六屆廣東省精品科技期刊榮譽稱號。