2007年02月 在第二屆北方期刊獎評選中榮獲十佳期刊獎、優秀期刊獎

　　2007年08月 榮獲首屆吉林省高校科學研究促進獎

　　2008年01月 在吉林省第八次期刊等級評審中榮獲十佳科技期刊獎

　　2008年10月 榮獲第二屆中國高校精品科技期刊獎

　　2008年10月 榮獲高校科技期刊先進集體獎

　　2009年10月 榮獲中國高等學校自然科學學報研究會評選的2009年全國高校科技期刊優秀編輯質量獎

　　2009年11月 在由吉林省委宣傳部、省新聞出版局組織的第九次(2007~2008年度)全省期刊等級評審工作中被評為吉林省一級期刊、吉林省名刊

　　2009年12月 在第二屆吉林省新聞出版獎評選工作中榮獲“第二屆吉林省新聞出版獎的期刊精品獎”稱號

　　2010年11月 榮獲“第三屆中國高校精品科技期刊”稱號

　　2011年05月 在第二屆中國學術期刊評價中被評為“RCCSE中國權威學術期刊”(注：RCCSE為中國科學評價研究中心英文縮寫)

　　2011年05月 在由教育部科技發展中心舉辦的“中國科技論文在線優秀期刊”評比活動中獲一等獎

　　2011年10月 在由教育部科學技術司舉辦的“2011年中國高校科技期刊優秀團隊和優秀個人評選活動”中被評為中國高校科技期刊優秀團隊

　　2012年10月 榮獲教育部2011年度中國科技論文在線優秀期刊一等獎

　　2012年11月 榮獲教育部第四屆中國高校精品科技期刊獎

　　2013年11月 在由教育部科技發展中心舉辦的2012年度“中國科技論文在線優秀期刊”評比活動中獲一等獎

　　2013年9月 在由教育部科學技術司舉辦的中國高校科技期刊優秀主編評比活動中，王麗同志被評為“2013年中國高校科技期刊優秀主編”

　　2014年7月 榮獲中國高校科技期刊研究會評選的“中國高校醫學期刊最佳實踐獎”

　　2014年10月 榮獲教育部科學技術司評選的“第五屆中國高校優秀科技期刊獎”

　　2015年12月 在由教育部科技發展中心舉辦的2014年度“中國科技論文在線優秀期刊”評比活動中獲一等獎

　　2016年10月 在吉林省高校科技期刊“四個獎”評選活動中榮獲先進集體獎

　　2016年10月 榮獲中國高校科技期刊研究會2016年度中國高校優秀科技期刊獎

　　2017年9月 《吉林大學學報(醫學版)》榮獲吉林省高校科技期刊研究會首屆吉林省高校科技期刊獎精品獎

　　2018年6月 《吉林大學學報(醫學版)》在由教育部科技發展中心舉辦的2016年度“中國科技論文在線優秀期刊”評比活動中榮獲一等獎

　　2018年10月 榮獲中國高校科技期刊研究會“2018年度中國高校百佳科技期刊”

　　2018年10月 在2018年吉林省高校科技期刊“三優一先”遴選活動中榮獲先進集體獎

　　2019年7月 榮獲“第二屆吉林省高校科技期刊獎精品獎”

　　2019年10月 榮獲中國高校科技期刊研究會“中國高校科技期刊優秀團隊”

　　2020年8月 官鑫編輯榮獲“第四屆中國科技期刊青年編輯大賽”三等獎

　　2020年9月 韓宏志編輯獲“中國高校科技期刊研究會青年基金課題”B類基金資助

　　2020年11月 《吉林大學學報(醫學版)》榮獲中國高校科技期刊研究會“2020年度中國高校百佳科技期刊”

　　2020年12月 《吉林大學學報(醫學版)》編輯部榮獲“第五屆吉林省新聞出版優秀集體獎”

　　2021年10月 《吉林大學學報(醫學版)》榮獲“第三屆吉林省高校科技期刊獎”特別獎

　　2021年10月 王麗編審榮獲吉林省高校科技期刊研究會的“終身成就獎”

　　2021年10月 韓宏志編審榮獲2020年度吉林省高校科技期刊“優秀編輯”獎

　　2021年10月 官鑫副編審榮獲2020年度吉林省高校科技期刊“優秀青年編輯”獎

　　2022年12月 《吉林大學學報(醫學版)》榮獲“2022中國高校百佳科技期刊”

　　2022年12月 《吉林大學學報(醫學版)》在2022年度吉林省高校科技期刊高質量發展計劃被遴選為先進集體

　　2023年11月 《吉林大學學報(醫學版)》編輯部榮獲2023年度中國高校科技期刊建設示范案例庫優秀團隊

　　2023年11月 《吉林大學學報(醫學版)》官鑫副編審榮獲2023年度中國高校科技期刊建設示范案例庫優秀編輯

　　2024年10月 李欣欣編審榮獲2024年度吉林省高校科技期刊“優秀主編”獎

　　2024年10月 韓宏志編審榮獲2024年度吉林省高校科技期刊“優秀編輯”獎